继续教育管理办公室系上海交通大学医学院继续教育管理委员会下设部门，归口管理医学院非学历教育。

根据国家教育部办公厅关于印发《普通高等学校举办非学历教育管理规定(试行)》（教职成厅函〔2021〕23号）精神，及上海交通大学《关于修订非学历教育管理办法的通知》的有关要求， 进一步明确非学历教育归口管理部门，按照“管办分离”原则，对非学历教育实施归口管理。上海交通大学医学院按照要求，成立继续教育管理委员会，负责把关医学院非学历教育办学方向及定位、非学历教育相关重大政策、制度等内容。继续教育管理委员会下设继续教育管理办公室，归口管理医学院非学历教育。以上海交通大学医学院及所属机构名义举办的非学历教育，均纳入继续教育管理委员会及办公室统一管理。

继续教育管理委员会主任由医学院分管继续教育的领导担任，成员包括相关职能部门、二级学院、附属医院分管领导等。继续教育管理办公室主任由院长办公室主任兼任。全面负责非学历教育的统筹协调与规范管理；负责拟订非学历教育发展规划和管理制度，建立风险防控机制；负责非学历教育的立项审批、过程管理、质量监督和绩效管理，以及非学历教育的招生简章、广告宣传与合作协议等具体事务的审核与培训证书的发放。继续教育管理办公室接受上海交通大学非学历管理部门的业务指导和统一部署。